Prinsip yang digunakan dalam kontrasepsi alamiah adalah menentukan masa subur, yaitu empat hari sebelum ovulasi -karena sperma dapat hidup sampai 4 atau 5 hari- sampai 3 hari setelah ovulasi dan menghindari senggama pada saat itu atau senggama dengan menggunakan alat kontrasepsi, misalnya kondom.
Ada dua metode yang dapat digunakan, yaitu metode suhu basal tubuh dan metode bentuk lendir serviks. Kedua metode ini dianjurkan untuk digunakan secara bersamaan, yaitu disebut metode simptotermal.

1. Metode Suhu Basal Tubuh

Metode ini berdasarkan kenaikan suhu tubuh setelah ovulasi  sampai sehari sebelum menstruasi berikutnya. Untuk mengetahui bahwa suhu tubuh benar-benar naik, maka harus selalu diukur dengan termometer yang sama dan pada tempat yang sama (di mulut, anus atau vagina) setiap pagi setelah bangun tidur sebelum mengerjakan pekerjaan apapun dan dicatat pada tabel (lampiran). Syaratnya tidur malam paling sedikit selama 5 sampai 6 jam. Jika 6 hari secara berturut-turut suhu rendah (36,4 °C-36,7 °C), kemudian 3 hari berturut-turut suhu lebih tinggi (36,9 °C-37,5 °C), maka setelah itu dapat dilakukan senggama tanpa menggunakan alat kontrasepsi.
Metode ini memiliki tingkat keamanan yang tinggi jika suhu diukur secara rutin dan senggama sebelum ovulasi dilakukan dengan menggunakan alat kontrasepsi lain. Kesalahan dapat terjadi jika sedang mengalami sakit, misalnya demam, mengukur suhu tidak pada waktu yang biasanya, tidur malam terlalu sedikit, ganti termometer, ganti tempat mengukur suhu. Metode ini baik untuk digunakan, tetapi harus diperhatikan pada kasus-kasus tertentu, seperti ibu yang sedang menyusui, karena siklus yang sangat tidak teratur.

2. Metode bentuk lendir serviks

Pengamatan dilakukan pada lendir yang melindungi serviks (mulut rahim) dari bakteri-bakteri penyebab penyakit dan dari sperma sebelum masa subur. Pada saat menjelang ovulasi lendir ini akan mengandung lebih banyak air (menjadi encer) sehingga mudah dilalui oleh sperma. Setelah ovulasi lendir akan kembali menjadi lebih padat. Perubahan bentuk lendir ini bervariasi bagi setiap wanita dan pada setiap siklus. Untuk mengamati perubahan ini bagi wanita tertentu cukup dengan mengamati lendir yang berada di liang vagina, tetapi bagi yang lain mungkin harus mengambil lendir dari mulut rahim.
Jika lendir mulai keluar atau bagi wanita yang mengalami keputihan (sering mengeluarkan lendir) lendir mengencer, bergumpal-gumpal, dan lengket, maka hal ini menunjukkan bahwa akan terjadi ovulasi, sehingga senggama harus dihindari atau dengan menggunakan alat kontrasepsi. Pada puncak masa subur, yaitu menjelang dan pada saat ovulasi lendir akan keluar dalam jumlah yang lebih banyak, menjadi transparan, encer dan bening seperti putih telur dan dapat ditarik di antara dua jari seperti benang. Tiga hari setelah puncak masa subur dapat dilakukan senggama tanpa alat kontrasepsi.
Lendir dari serviks tidak dapat diamati pada saat sedang terangsang dan beberapa jam setelah senggama, karena dinding vagina juga akan mengeluarkan lendir yang akan memalsukan lendir serviks.
Metode ini cukup aman bagi wanita yang berpengalaman dalam mengenali bentuk-bentuk lendir, dengan demikian diperlukan waktu yang cukup lama untuk dapat menggunakan metode ini.

3. Metode simtotermal

Metode ini gabungan dari 2 metode yang sudah diuraikan di atas, sehingga tingkat keamanannya sangat tinggi. Keuntungannya, hari-hari mendekati ovulasi dapat diketahui dari bentuk lendir dan kapan masa subur berlalu diketahui dari kenaikan suhu tubuh. Pada hari-hari setelah lendir serviks tidak dapat ditarik lagi seperti benang, suhu tubuh harus lebih tinggi dari 6 hari sebelumnya.
Tanda-tanda lain yang menunjukkan adanya ovulasi adalah rasa sakit pertengahan, yaitu rasa sakit di perut bagian bawah (di indung telur) sebelah kiri atau kanan yang terjadi tepat pada saat ovulasi dan bercak darah.
Metode-metode kontrasepsi alamiah dapat juga digunakan untuk pasangan yang ingin memiliki anak untuk meningkatkan kemungkinan adanya pembuahan, karena yang ditentukan adalah masa subur.